دیدار با آیت الله سیستانی رهبر شیعیان عراق و مرجع تقلید بخش بزرگی از شیعیان در سایر کشورها یکی از برنامه‌های پاپ در این سفر بود که توانست توجه رسانه‌های جهان را به خود جلب کند.